Niniejsza praca jest licencjonowana zgodnie z Creative Commons Attribution ShareAlike License 4.0 International. Aby zobaczyć kopię niniejszej licencji, odwiedź:

https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/

Duża część tego rozdziału zaczerpnięta jest z kursów EMBL-EBI Functional genomics autorstwa Laury Huerta oraz Melissy Burke, a w szczególności: Functional genomics (II): Common technologies and data analysing methods, udostępnionego na podstawie powyższej licencji pod adresem:

https://www.ebi.ac.uk/training/online/course/functional-genomics-ii-common-technologies-and-data-analysis-methods/applications-rna-seq

Wstęp

Uwaga Znajomość całego materiału zamieszczonego w poniższym rozdziale, nie jest wymagana w przypadku kontrybucji do projektu. Ma jednak ona miłe skutki uboczne - pomoże Ci zdać przedmiot Technologie w skali genomowej ;)

Analiza szlaków biologicznych jest jedną z metod wykorzystywanych w genomice funkcjonalnej, polegającą na identyfikacji i obserwacji zmian w ekspresji genów należących do szlaków, których produkty (poprzez oddziaływanie ze sobą) wspólnie odpowiadają za określone funkcje biologiczne.

Celem analizy jest powiązanie zaobserwowanych zaburzeń w ekspresji genów z określonym zaburzeniem prawidłowych funkcji biologicznych. Przykładowo możemy porównywać ekspresję genów z próbki pochodzącej od organizmów zdrowych oraz chorych na nowotwór, w celu poznania mechanizmów pozwalających na jego rozwinięcie. Możemy także badać ekspresję genów w próbkach pochodzących od jednego organizmu pobranych w różnych punktach czasowych, np. badania jak stres (temperatura/ podanie konkretnej substancji/ zasolenie i td … ) wpływa na działanie organizmu. Ekspresję poszczególnych genów badamy poprzez liczenie fragmentów mRNA (a więc poszczególnych izoform danego genu). Metody najczęściej wykorzystywane w badaniach ekspresji oparte są o mikromacierze oraz sekwencjonowanie RNA.